Plouguin vient du breton « ploe » (paroisse) et « ken » (beau).
La paroisse primitive de Plouguin englobait, à l'origine, les territoires de Locmajan (Treffmajan, sa trève, aujourd'hui en Plouguin), de Coat-Méal (d'après Couffon), de Tréglonou et de Tréouergat.
La paroisse de Plouguin dépendait de l'ancien évêché du Léon. Une chapelle de Saint-Guénolé est mentionnée dans un additif du XIIIème siècle au Cartulaire de Landévennec "in dominatione Curie Albe".
On rencontre les appellations suivantes : Ploueguen (en 1173), Ploeken (vers 1330), Ploeguin (en 1371), Ploeguen (en 1481), Ploueguen (en 1544).